Zhruba v polovině 13. století, kdy se král Přemysl Otakar II. snažil upevnit svou pozici v doposud ne příliš osídlených jižních Čechách, vznikl v souvislosti se založením Českých Budějovic mezi lety 1262-1265 i královský hrad Hluboká. K tomu následně král přiřkl i celou okolní krajinu, a tak se v nově formovaném hlubockém panství zrychlil kolonizační proces povětšinou původně německého obyvatelstva z Podunají. Některé vesnice vznikly již na starých sídlech, jiné byly zakládány zcela nově. Již v druhé polovině 13. století pravděpodobně existovaly Zliv, Munice, Olešník, Velice, Chlumec, Nákří a zejména Mydlovary, se kterými byly počátky samotné obce Zahájí neoddělitelně spjaty. První písemná zmínka právě o Mydlovarech totiž pochází z roku 1368 a píše se v ní o knězi Petru, faráři v Mydlovarech. S postupným osidlováním krajiny totiž úzce souviselo i postupné zahušťování farní sítě tak, aby farníci měli do kostela maximálně hodinu cesty. A takový svatostánek nemusel nutně stát přímo v obci, ale kousek od ní, když by se našel vhodnější, nejlépe vyvýšený terén. Kolem roku 1300 tak byly postaveny kostely v Nákří, Purkarci, v Bílé Hůrce a samozřejmě kostel Panny Marie v „Mydlovarech“. Až na přelomu 13. a 14. století začala kolem mydlovarského kostela vznikat původně neplánovaná samostatná osada.

Jejím zakladatelem, tzv. lokátorem, byl více neznámý Vavřinec. Patrně po něm byla obec pojmenována Vavřinčice, neboť všechna jména s koncovkou „-ice“ (např. Bavorovice, Pašice, Munice, Opatovice) získala své jméno po svém zakladateli. Přímo název Vavřinčice je poprvé zmíněn až roku 1352 v registru papežského desátku, což byla jakási evidence příchozích plateb. V prakticky celé druhé polovině 14. století se Vavřinčice užívají dál, ale zajímavé je, že někdy byly pod tímto názvem ztotožňovány i sousední Mydlovary, protože k nim zcela původně přiléhal kostel. Až roku 1399 se v písemných pramenech poprvé objevil současný název Zahájí. Od středu panství – tedy od hradu Hluboká – do Vavřinčic vedla cesta lesem zvaný již tenkrát „Háj“. Proto asi nikoho nepřekvapí, že se pro obec nakonec ujalo mnohem přiléhavější a možná též snáze vyslovitelnější „Za-Hájí“. Vznik nového jména doplňuje i dodnes oblíbená (avšak faktograficky velmi děravá) pověst o hlubocké kněžně dojíždějící do Zahájí do kostela, která měla údajně přikázat, aby se tomu místu „za Hájem“ nově říkalo „Zahájí“.

Dějiny obce nadále byly spjaty především s osudy zdejší fary. Přestože Zahájí leželo prakticky v samém jádru panství Hluboká, všichni zahájští usedlíci byli poddaní svého faráře a farář byl patrně jejich jedinou vrchností. Odborníci se neshodnou na tom, kdy tento zvláštní stav přesně vznikl, nicméně se táhl až do samého konce feudalismu. Zahájí tak neunikalo zvýšené pozornosti hlubockých pánů, kteří se snažili občany více připoutat k Hluboké mj. tím, že dosazovali do Zahájí své vlastní poddané, kteří pak odváděli platy pouze jim.

Na konci 16. století Zahájí patřilo k olešnické rychtě a hospodařilo zde asi 18 hospodářů a dále své živobytí provozoval jeden krčmář. Třicetiletá válka na Zahájí nezanechala výraznějších změn, zůstala pustá pouze tři stavení, z čehož není jisté, jestli za to mohly přímo válečné manévry nebo jen důsledek ekonomických problémů jejich hospodářů. Zhruba dalších sto let měli Zahájští relativní klid jako poddaní faráře a od roku 1661 i později knížecího rodu Schwarzenbergů. Do jejich rutiny čas od času zasáhly pouze živelné pohromy nebo nemoci (roku 1720 si epidemie moru vyžádala 52 životů z celé zahájské farnosti). K památnému dni, který narušil poklidný koloběh života, došlo až 25. května 1742.

Dějiny události, která se ne zcela přesně označuje jako „bitva u Zahájí“, se začaly psát již v listopadu 1741. Během války o rakouské dědictví (1740-1748) došlo onoho času k obsazení hradu Hluboká francouzským vojskem. Na jaře 1742 se rakouská armáda rozprostírala v Českých Budějovicích a jejich okolí pod vedením knížete Jiřího Kristiána Lobkovice. Jeho hlavní úkol spočíval v obléhání Hluboké. V květnu 1742 byl hlubocký hrad zcela sevřen a Lobkovicovy jednotky se rozložily v prostoru jihovýchodně od Zahájí, kde také vybudovaly vojenský tábor. Ráno 25. května se obec Zahájí ocitla mezi dvěma vojsky – Rakušanů (cca 9000) z jedné strany a Francouzů (cca 18 000) z druhé strany. Po jasném neúspěchu se Rakušané v noci stáhli k Českých Budějovicím. V kontextu válek o rakouské dědictví se v podstatě jednalo jen o nevýznamnou epizodu, i tak si toto střetnutí vyžádalo více jak 300 obětí na životech – 100 na rakouské straně a více jak 200 na straně Francouzů. „Bitva u Zahájí“ si též vyžádala i materiální škody na zahájských staveních včetně kostela a fary. Trvalo minimálně 15 let, než život zdejších obyvatel opět ubíhal v normálních kolejích. Nicméně v 18. století došlo ještě k jedné fatální události, která zamíchala lidskými osudy – roku 1772 postihl osadu velmi krutě hladomor, který o život připravil 102 farníků z celé farnosti (tj. z Munic, Mydlovar, Olešníku a Zahájí dohromady).   

Teprve v 19. století dochází k obecnímu rozvoji. Staví se nová stavení, včetně hájovny při cestě do Munic.V roce 1841 v Zahájí bydlelo 217 lidí, což byl srovnatelný počet se sousedními Mydlovary. V roce 1849 bylo Zahájí přiděleno právě pod nově vzniklou politickou obec Mydlovary jako její osada, ale Zahájí mělo vždy zastoupení v obecní radě. Ještě v polovině 19. století si Zahájí drželo svůj zemědělský ráz, což se však mělo brzy změnit. V okolí vsi totiž ležela bohatá ložiska tří důležitých surovin – lignitu, železné rudy a kvalitní cihlářské hlíny. S jejich těžbou ve velkém se začalo zhruba v 80. letech 19. století. Těžba hlíny znamenala mj. pracovní příležitost pro mnoho lidí z obce. Na konci 19. století se též rozvíjel spolkový život. Vznikla hospodářská beseda, na podporu kultury a osvěty vznikla i Národní jednota Pošumavská pro Zahájí a okolí, bývalí vojíni založili Spolek vojenských vysloužilců.

Na počátku 20. století byl v Zahájí provozován jak hostinec, tak výčep piva a kořalky. V obci působil kovář, obuvník, drobní obchodníci se smíšeným zboží i krejčí. Občané si mohli ukládat své úspory v kampeličce. K roku 1908 se datují první snahy o odtržení od Mydlovar a vytvoření tak samostatné a soběstačné obce. Tyto snahy však přerušila první světová válka, ve které zůstalo třináct zahájských spoluobčanů. K odtržení od Mydlovar došlo krátce po válce a 6. 6. 1920 se konaly první zahájské obecní volby, v nichž byl prvním starostou zvolen Josef Jerhot.

Důležitým rokem pro Zahájí byl rok 1921. Byla založena obecní knihovna. V témže roce zahájila svou činnost i Církev československá husitská, ke které přešlo asi 100 místních občanů. Své mše konala přímo na návsi, neboť neměla žádný jiný vhodný prostor. Též roku 1921 došlo k rozhodnutí, že se v Mydlovarech vybuduje nová elektrárna, čímž řada Zahájských získala dobrou práci a mělo to vliv i na brzkou elektrifikaci obce, čímž čím dál více Zahájí ztrácelo svůj původní zemědělský ráz. Se zaváděním elektrického proudu jak do veřejného osvětlení, tak do soukromých budov se začalo již roku 1923 a protáhlo až do 30. let. Následujícího roku – přesněji 2. 6. 1924 došlo k založení hasičského sboru. Ještě do druhé světové války byly založeny další spolky – včelařský, divadelní ochotnický, Spolek pro okrašlování a ochranu domoviny v Zahájí či Sportovní klub.

Druhá světová válka se do koloběhu života Zahájských nepromítla tak strašlivě, jako jinde. Během let 1939-1945 zahynulo devět občanů včetně čtyřčlenné židovské rodiny Kohnů. Někteří další občané byli krutě vyslýcháni českobudějovickým gestapem a zastupitelstvo muselo složit roku 1940 vynucený slib Protektorátu. Jinak ale zůstalo Zahájí od tvrdých dopadů druhé světové války celkem ušetřeno. Za zmínku stojí i to, že během válečných let došlo opět ke sloučení Mydlovar se Zahájím, tentokrát však v opačném gardu – Zahájí zůstalo politickou obcí a Mydlovary jejich osadou. Na přelomu července a srpna 1945 byly však opětovně rozděleny na dvě samostatné obce.

Doba po roce 1948 přinesla řadu změn. Ani Zahájí se nevyhnula kolektivizace zemědělství, kdy sedm hospodářů založilo místní jednotné zemědělské družstvo (1949). Na zkonfiskovaném statku č. p. 17 po Karlu Vithovi, nechalo družstvo v 50. letech vybudovat družstevní kravín a vepřinec. Z úprav farní kolny vznikla zase drůbežárna. Z čtyřicátých a padesátých let minulého století pochází i další významné stavby v obci – mj. obecní dům (1948), hasičská zbrojnice ze staré farské maštale (*1953), nový kulturní dům (*1958). V budově místního národního výboru fungovala také mateřská školka (od 1952) a kino (1990 zrušeno). V letech 1952 a 1953 také došlo k zřízení dvou rybníčků „ve Strouze“.   

Během šedesátých let přibylo v obci fotbalové hřiště pod novým hřbitovem (1962), některé domácnosti se jako první dočkaly vlastního proudu vody z veřejného vodovodu (1963), byla postavena nová mateřská škola (1964), park a náves neminuly jisté úpravy (1965) a došlo k otevření samoobsluhy (1966). Roku 1960 po celostátní rozsáhlé územní správě byly snahy o připojení Zahájí k nějaké další obci, k čemuž nakonec nedošlo. Naopak se ale uskutečnilo sloučení JZD Zahájí se sousedním JZD v Olešníku, Chlumci a Nové Vsi se sídlem v Olešníku. Necelý rok před vstupem armád Varšavské smlouvy na naše území proběhlo severozápadně od Zahájí vojenské cvičení pod krycím názvem „Vltava“. Reakcí Zahájských na 21. 8. 1968 byla petice odsuzující postup cizích vojsk. Od šedesátých let se počet zdejších obyvatel trvale snižoval, ale naopak přibývalo rodinných domů.

Během 70. let vzkvétal spolkový život. Mezi nejaktivnější patřil Český svaz žen, kterým se roku 1974 podařilo obnovit činnost zdejší skupiny Československého Červeného kříže. Hlavní náplní Českého svazu žen byla péče o zatravněné plochy, výsadba růží, úklid na návsi, pořádání zábav a zájezdů. Dále v Zahájí existoval Svaz československo-sovětského přátelství a samozřejmě tradičně sbor dobrovolných hasičů. V roce 1975 bylo Zahájí sloučeno se Zliví a přestalo existovat jako samostatná obec. Zdejší zastupitelstvo bylo rozpuštěno a správní agendu převzal Městský národní výbor ve Zlivi.

Osmdesátá léta pak byla ve znamení výstavby „nového sídliště“ a roku 1985 byla dokončena poslední vodovodní přípojka. Dne 1. 1. 1991 došlo k odtržení Zahájí od Zlivi. Z komunálních voleb z listopadu 1990 vzešlo devítičlenné zastupitelstvo v čele se starostou Jiřím Novákem. Roku 1991 byla k nelibosti mnohých občanů zřízena skládka komunálního odpadu v polesí „Řídká blana“. První roky 90. let přinesly ale i opravu kostela a dokončení kanalizace obce.

Uvidíme, co vše do dějin obce přinese 21. století...

(autorka textu paní Hanka Tlamsová, kronikářka obce Zahájí, čerpala z knih "Zahájí" od Daniela Koláře a "Mydlovary" od Aloise Sassmanna)